Koncervacinio prioriteto zonos

Konservacinę funkcinę zoną sudaro – Šakymo rezervatas ir 10 draustinių: Asvejos, Baluošų, Beržos ir Žalktynės kraštovaizdžio, Žvernos hidrografinis, Purviniškių telmologinis, Nikajo ir Pravalo botaniniai, Vyriogalos botaninis – zoologinis ir Dubingių urbanistinis, kuriuose sukaupta didžioji dalis parko gamtos ir kultūros paveldo vertybių.
Vienintelis parke Šakymo gamtinis rezervatas yra rytinėje Šakymo pusiasalio dalyje. Jo tikslas išsaugoti brandžius ąžuolynus, išsidėsčiusius Asvejos ežero ir Žalktynės įlankos suformuotame pusiasalyje, kaip Lietuvos augalijos etaloną ir retų, saugomų paukščių perimvietes. Augaviečių įvairovė ir kontrastingumas, mažus plotus užimančios specifinės augavietės lėmė didelį rūšių gausumą, nebūdingą tokiems mažiems plotams. Čia rastos 299 augalų rūšys, tarp jų 8 saugomos ir kelios dešimtys retų ir apyrečių bei ribotai paplitusių . Rezervate peri retos plėšriųjų paukščių rūšys: erelis žuvininkas, juodasis peslys. Rezervato plotas 141 ha, tai sudaro 1.2 % parko teritorijos.

Žalktynės kraštovaizdžio draustinio tikslas išsaugoti Žalktynės įlankos ir ją supančių miškų kraštovaizdį: Asvejos pakrantes, savitą Ešerinio ežerą su greta esančia aukštapelke, pievas su žemapelkių ploteliais, sodybų aplinkos augmeniją, šlaitus ir pakeles. Draustinis vienas iš 4 parke esančių kraštovaizdžio draustinių, viena gražiausių ir patraukliausių teritorijų. Draustinio plotas – 693 ha, tai sudaro 6.0 % parko teritorijos.
Baluošų kraštovaizdžio draustinis apima centrinėje parko dalyje esantį Baluošų ežerą bei jo miškingus apyežerius (Utenos miškų urėdijos Dubingių girininkijos Dubingių miško bei Nemenčinės miškų urėdijos Purviniškių girininkijos Kaptos, Alkos ir Dubingių miškų dalys). Tikslas – išsaugoti ir eksponuoti Baluošų ežero bei apyežerių kraštovaizdį, pasižymintį šimtamečiais pušynais, vandens ir plėšriesiems paukščiams vertingais biotopais, kultūros vertybių kompleksais – Jutonių pilkapiais, Baluošos piliakalniu.
Beržos kraštovaizdžio draustinis apima šiaurvakarinėje parko dalyje esantį ežeringą dubaklonį ir jį supančias kalvotas teritorijas. Draustinio tiklas – išsaugoti ir eksponuoti pelkėtą dubaklonį, pasižymintį didele biotopų ir retųjų augalų įvairove, jame telkšančius Beržos, Suoselio, Galinio, Delvių, Smailių ežerus, išraiškingą Jurkiškio (Stirnelės) upelio slėnio ir gretimai plytinčio agrarinio kraštovaizdžio, pasižyminčio kalvų, giraičių, sodybų su etnografiniais elementais ir archeologijos vertybe, mozaiką, teritorijoje vykdant reguliuojamą žemės bei miškų ūkio ir pažintinę rekreacinę veiklą, išlaikant tradicinę apgyvendinimo struktūrą.
Vyriogalos botaninis-zoologinis draustinis apima dalį Šakimo ir Blužnėnų miškų masyvų (Nemenčinės miškų urėdija Purviniškių girininkija). Draustinio tikslas – išsaugoti ir eksponuoti Vyriogalos įlanką, Šakimo pusiasalį, Dubingos ištakas ir paežerinius miškus.

Purviniškių telmologinis draustinis apima prie Purvino ir Leikštinio ežerų prisišliejusią Purvinės pelkę su apypelkio miškais. Šio draustinio tikslas išsaugoti stambiausią parke Purviniškių aukštapelkinį gamtinį kompleksą su retųjų saugomų augalų – pelkinių vikšrių, šakotųjų ratainyčių, dvilapių purvuolių, pelkinių laksvų augimvietėmis, retųjų paukščių – gervių, tetervinų, švygždų perimvietėmis.

Asvejos hidrografinis draustinis apima visą Asvejos ežerą ir miškingus apyežerius. Tikslas – išsaugoti ir eksponuoti vieną ilgiausių Lietuvoje rininių ežerų sistemų hidrografinę struktūrą.
Žvernos hidrografinis draustinis apima šiaurinėje parko dalyje esančio Žvernos upelio atkarpą ir jo paslėnio teritorijas. Tikslas – išsaugoti Žvernos upelio hidrografinę struktūrą bei slėnį, kaip išlikusio natūralaus šio regiono miško upelio etaloną, su brandžių ąžuolų medynais paslėnio zonoje.
Dubingių urbanistinis draustinis apima dalį Dubingių miestelio. Jo tikslas – išsaugoti ir eksponuoti senąją Dubingių piliavietę, pačio miestelio istoriškai susiklosčiusią planinę bei erdvinę struktūrą su architektūrinėmis vertybėmis, atkuriant ir formuojant būdingas erdves, reguliuojant statybas bei rekreacinį naudojimą.